Als een studie nog ingediend is volgens de oude regelgeving (Directive 2001/20/EC (CTD), in Nederland de WMO), kan de eerste drie jaren na inwerkingtreding van de CTR, i.e. tot 31 januari 2025, een nieuwe onderzoekslocatie nog via een amendement onder de CTD (WMO) worden ingediend. Vanaf 31 januari 2025 kan dat niet meer en moeten alle amendementen voldoen aan de CTR. Het volledige onderzoek moet dan overgezet worden naar CTIS om voortgezet te kunnen worden.
Het toevoegen van een lidstaat in een lopende studie goedgekeurd onder de CTD kan alleen het eerste jaar van de overgangsregeling. Dit betreft namelijk een nieuwe indiening in de lidstaat die wordt toegevoegd. Vanaf het tweede jaar van de overgangsregeling kunnen lidstaten niet meer volgens de CTD regelgeving worden toegevoegd en dient het onderzoek overgezet te worden naar CTIS. Daarna kan het betreffende lidstaat via de procedure 'Toevoegen nieuwe lidstaat' worden toegevoegd.